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空心菜离体再生体系的构建及不同光周期转录组分析

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空心菜离体再生体系的构建及不同光周期转录组分析
论文目录
 
摘要第1-6页
Abstract第6-7页
第一章 引言第12-24页
    1 空心菜概况第12-13页
        1.1 空心菜的形态学特征第12页
        1.2 空心菜的生长环境第12页
        1.3 空心菜的应用价值第12-13页
    2 旋花科植物离体再生研究进展第13-14页
        2.1 空心菜离体再生研究进展第13页
        2.2 甘薯离体再生研究进展第13页
        2.3 旋花科其他植物离体再生研究进展第13-14页
    3 影响植株再生的因素第14-16页
        3.1 外植体第14页
        3.2 植物激素第14-15页
        3.3 培养基第15-16页
        3.4 苗龄和苗态第16页
        3.5 基因型第16页
    4 转录组测序技术第16-17页
        4.1 RNA-seq简介及应用第17页
        4.2 光周期转录组的研究第17页
    5 植物开花分子调控的途径第17-22页
        5.1 光周期途径第17-19页
        5.2 春化途径第19-20页
        5.3 赤霉素途径第20-21页
        5.4 温度途径第21页
        5.5 自主途径第21页
        5.6 年龄途径第21-22页
    6 研究的目的与意义第22-23页
    7 技术路线第23-24页
第二章 空心菜离体再生体系的构建第24-47页
    1 材料与方法第24-28页
        1.1 材料第24页
            1.1.1 植物材料第24页
            1.1.2 植物激素与试剂第24页
        1.2 试验方法第24-28页
            1.2.1 不同消毒方式对空心菜种子的影响第24页
            1.2.2 PPM对空心菜种子污染率的影响第24-25页
            1.2.3 不同培养基类型对空心菜无菌苗的影响第25页
            1.2.4 空心菜不同外植体的制备第25-26页
            1.2.5 不同基因型和外植体类型对空心菜不定芽诱导的影响第26-27页
            1.2.6 不同激素配比对空心菜不定芽诱导的影响第27页
            1.2.7 不同培养基类型对空心菜不定芽诱导的影响第27页
            1.2.8 不同凝胶剂对空心菜不定芽诱导的影响第27页
            1.2.9 外植体不同苗态对空心菜不定芽诱导的影响第27页
            1.2.10 外植体不同放置方式对空心菜不定芽诱导的影响第27页
            1.2.11 空心菜不定根的诱导第27-28页
            1.2.12 炼苗和移栽第28页
        1.3 空心菜离体再生数据分析第28页
    2 结果与分析第28-43页
        2.1 空心菜无菌苗的培育第28-30页
            2.1.1 不同消毒方式对空心菜种子的影响第28-29页
            2.1.2 不同浓度PPM对空心菜种子污染率的影响第29-30页
            2.1.3 不同培养基类型对空心菜种子的影响第30页
        2.2 空心菜不定芽的诱导第30-39页
            2.2.1 不同基因型和外植体对空心菜不定芽诱导的影响第30-32页
            2.2.2 不同激素配比对空心菜不定芽诱导的影响第32-36页
            2.2.4 不同培养基类型对空心菜不定芽诱导的影响第36-37页
            2.2.5 不同凝胶剂对空心菜不定芽诱导的影响第37-38页
            2.2.6 外植体不同苗态对空心菜不定芽诱导的影响第38-39页
            2.2.7 外植体的不同放置方式对空心菜不定芽诱导的影响第39页
        2.3 空心菜不定根的诱导第39-40页
            2.3.1 不同浓度NAA以及培养基类型对不定根的影响第39-40页
        2.5 再生苗的炼苗与移栽第40-43页
    3 讨论第43-47页
        3.1 空心菜无菌苗的培育第43页
            3.1.1 消毒剂和消毒时间对空心菜无菌苗的影响第43页
        3.2 空心菜不定芽的诱导第43-46页
            3.2.1 外植体类型对空心菜离体再生的影响第43-44页
            3.2.2 植物激素浓度及其配比对空心菜离体再生的影响第44页
            3.2.3 基因型对空心菜离体再生的影响第44-45页
            3.2.4 培养基对空心菜离体再生的影响第45页
            3.2.5 苗龄和苗态对空心菜离体再生的影响第45页
            3.2.6 接种方式对空心菜离体再生的影响第45-46页
        3.3 空心菜的生根培养第46-47页
第三章 不同光周期转录组分析第47-75页
    1 材料与方法第47-51页
        1.1 供试材料第47页
        1.2 试验方法第47-51页
            1.2.1 光周期对空心菜开花时间的影响第47页
            1.2.2 材料处理与取样第47页
            1.2.3 空心菜叶片总RNA的提取第47-48页
            1.2.4 RNA-seq文库构建与质检第48页
            1.2.5 测序数据过滤及序列比对分析第48页
            1.2.6 差异基因表达分析第48-49页
            1.2.7 差异基因富集分析第49页
            1.2.8 差异基因GO功能注释第49页
            1.2.9 KEGG pathway注释第49-50页
            1.2.10 变异位点分析第50页
            1.2.11 FT和HY5基因家族鉴定第50-51页
            1.2.12 FT和HY5同源基因序列比对第51页
    2 结果与分析第51-73页
        2.1 光周期对空心菜开花时间的影响第51-52页
        2.2 RNA质量分析第52-54页
        2.3 转录组数据质控第54-57页
            2.3.1 数据质量第54-55页
            2.3.2 比对统计分析第55-56页
            2.3.3 比对区域分布第56-57页
        2.4 差异分析第57-60页
            2.4.1 差异基因统计第57-58页
            2.4.2 差异基因分布情况第58-59页
            2.4.3 差异基因韦恩图第59页
            2.4.4 差异基因聚类第59-60页
        2.5 富集分析第60-65页
            2.5.1 差异基因的GO功能富集分析第60-62页
            2.5.2 KEGG通路富集分析第62-65页
        2.6 变异位点统计分析第65-67页
        2.7 转录因子分析第67页
        2.8 空心菜FT、HY5基因家族系统发育树第67-69页
        2.9 空心菜FT、HY5基因家族序列比对第69-73页
    3 讨论第73-75页
        3.1 差异基因分析第73页
        3.2 富集分析及转录因子分析第73-74页
        3.3 FT同源基因第74-75页
第四章 全文结论第75-78页
    1 空心菜离体再生体系的构建第75-76页
        1.1 空心菜无菌苗的建立第75页
            1.1.1 适合空心菜种子消毒的方式第75页
            1.1.2 PPM最佳浓度第75页
            1.1.3 培育无菌苗的最佳培养基第75页
        1.2 空心菜不定芽的诱导第75-76页
            1.2.1 空心菜离体再生的最佳外植体及基因型第75页
            1.2.2 空心菜诱导不定芽的最佳培养基配方第75页
            1.2.3 空心菜再生的最佳苗态及苗龄和最佳放置方式第75-76页
        1.3 空心菜不定芽的生根和移栽第76页
    2 空心菜不同光周期转录组分析第76-78页
        2.1 光周期对空心菜开花时间的影响第76页
        2.2 测序结果统计第76页
        2.3 差异基因统计第76页
        2.4 差异基因富集分析第76-77页
        2.5 变异位点统计第77页
        2.6 转录因子分析第77页
        2.7 FT、HY5基因发育树及序列比对第77-78页
参考文献第78-86页
缩略语表第86-87页
附录第87-88页
致谢第88页

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